Este libro es una carta personal, y por eso mismo es probable que originalmente no tuviera título.
Los manuscritos griegos más antiguos que se conservan dicen sencillamente ΠΡΟΣ ΦΙΛΗΜΟΝΑ [Pros Philêmona] ("A Filemón"), título que quizá fue agregado por un cristiano desconocido que juntó por primera vez las epístolas de Pablo y las hizo circular como una colección.